odgrywa ważną rolę w noworodkom szczura z niedokrwiennego niedokrwieniu skojarzonej z chłoniaka z komórek

Multipleksowana i wysokoprzepustowa detekcja RNA/  białka wypustek/IgG/IgM Biomarkery infekcji SARS-CoV-2 z wykorzystaniem bioczujników nanoplazmonicznych

Aby poradzić sobie z epidemią COVID-19, wywoływaną przez koronawirusa zespołu ostrej ostrej niewydolności oddechowej 2 (SARS-CoV-2), istnieje niezaspokojona potrzeba bardzo dokładnych testów diagnostycznych na wszystkich etapach zakażenia z szybkimi wynikami i wysoką swoistością. W tym miejscu przedstawiamy bezetykietowy, oparty na biosensorach nanoplazmonicznych, multipleksowy check przesiewowy do wykrywania COVID-19, który może ilościowo wykryć 10 różnych biomarkerów (6 genów wirusowych kwasów nukleinowych, 2 podjednostki białka wypustek i 2 przeciwciała) z limitem wykrywania w gama AM, wszystko w ramach jednej platformy biosensorowej.

Nasze nowo opracowane bioczujniki nanoplazmoniczne wykazują wysoką specyficzność, co ma ogromne znaczenie dla uniknięcia fałszywych odpowiedzi. Jako dowód koncepcji pokazujemy, że nasze podejście do wykrywania może potencjalnie oznaczać ilościowo zarówno przeciwciała IgG, jak i IgM bezpośrednio z próbek osocza pacjentów zakażonych COVID-19 w jednym przebiegu urządzenia, demonstrując wysoką wydajność naszego podejścia do wykrywania.

Co najważniejsze, nasz check zapewnia charakterystykę odbioru, obszary pod krzywą wynoszące odpowiednio 0,997 i 0,999 dla IgG i IgM. Obliczona  wartość p określona nieparametrycznym testem Manna-Whitneya wynosi <0,0001 dla obu przeciwciał, gdy check pacjentów zakażonych COVID-19-dodatnim ( n = 80) w porównaniu z osobami zdrowymi ( n  = 72).

Dodatkowo check przesiewowy zapewnia obliczoną czułość (wskaźnik prawdziwie dodatnich) 100% (80/80), swoistość (wskaźnik prawdziwie ujemnych) >96% (77/80) , dodatnią wartość predykcyjną 98% przy 5% występowaniu , a ujemna wartość predykcyjna 100% przy 5% rozpowszechnieniu. Wierzymy, że nasze bardzo czułe, multipleksowe, wysokowydajne podejście do testowania ma potencjalne zastosowania w diagnostyce COVID-19 , szczególnie w określaniu progresji wirusa i ciężkości infekcji dla klinicystów w celu odpowiedniego leczenia, a także okaże się bardzo skutecznym testem diagnostycznym, gdy stosowane do chorób poza pandemią COVID-19.

Spc1 reguluje przetwarzanie białek błonowych za pośrednictwem peptydazy sygnałowej 

Peptydaza sygnałowa (SPaza) rozszczepia sekwencje sygnałowe (SS) prekursorów sekrecyjnych. Zawiera on konserwatywną ewolucyjnie podjednostkę białka błonowego Spc1, która jest zbędna dla katalitycznej aktywności SPazy, a jej rola pozostaje nieznana. W niniejszym badaniu zbadaliśmy funkcję drożdży Spc1. Najpierw przygotowaliśmy check rozszczepiania SPazy in vivo przy użyciu wariantów białka wydzielniczego CPY ze zmodyfikowanymi SS w regionach n i h.

Porównując wydajności cięcia SS tych wariantów w komórkach z lub bez Spc1, stwierdziliśmy, że sekwencje zakotwiczone przez sygnał stały się bardziej podatne na cięcie przez SPazę bez Spc1. Ponadto, przetwarzanie modelowych białek błonowych za pośrednictwem SPazy zostało wzmocnione przy braku, ale zmniejszone po nadekspresji Spc1. Spc1 poddano koimmunoprecypitacji z białkami niosącymi nierozszczepione segmenty zakotwiczone w sygnale lub transbłonowe (TM).

Podsumowując, wyniki te sugerują, że Spc1 chroni segmenty TM przed działaniem SPazy, tym samym zaostrzając selekcję substratu dla SPazy i działając jako negatywny regulator dla przetwarzania białek błonowych za pośrednictwem SPazy .

miroslawstraczynski
miroslawstraczynski

Interleukina 10 odgrywa ważną rolę w noworodkom szczura z niedokrwiennego niedokrwieniu skojarzonej z chłoniaka z komórek B 2 i retikulum endoplazmatyczne  białka  29

 

Interleukina 10 (IL-10) jest syntetycznym inhibitorem ludzkich cytokin o działaniu immunomodulującym i przeciwzapalnym. Badanie to zostało zaprojektowane w celu zbadania zmienności ekspresji IL-10 w wielu miejscach, w tym w korze, hipokampie i tkankach płuc noworodków szczurów z niedotlenieniem i niedokrwieniem (HI) oraz zbadanie kluczowej roli IL-10 w łagodzeniu uszkodzeń mózgu związanych z HI. W tym badaniu noworodki szczurów rasy Sprague-Dawley poddano podwiązaniu prawej tętnicy szyjnej wspólnej, a następnie 2-godzinnej hipoksji.

Ekspresję IL-10 w korze, hipokampie i tkankach płuc mierzono za pomocą immunohistochemii, ilościowej reakcji łańcuchowej polimerazy w czasie rzeczywistym (RT-qPCR) i western blot (WB). Przeprowadzono podwójne barwienie immunofluorescencyjne w celu zaobserwowania lokalizacji IL-10 w neuronach i astrocytach. Ponadto wektory lentiwirusa IL-10 siRNA nieukierunkowujące i nieukierunkowujące wstrzykiwano szczurom, odpowiednio, z grupy kontroli negatywnej (NC) i grupy IL-10, a poziomy mRNA chłoniaka z limfocytów B 2 (Bcl-2) i endoplazmatycznego białko retikulum 29 (ERp29) wykrywano metodą RT-qPCR po wyciszeniu IL-10.

Wyniki pokazały, że ekspresja IL-10 była znacznie zwiększona po tym, jak HI i IL-10 zostały zlokalizowane z neuronami i astrocytami, które zostały poważnie uszkodzone przez uraz HI. Ponadto, Bcl-2 i ERp29 uległy znacznemu zmniejszeniu po interferencji mRNA IL-10 w porównaniu z grupą NC. Nasze odkrycia ujawniły, że IL-10 wywierała swoje działanie antyapoptotyczne i neuroprotekcyjne poprzez regulację ekspresji Bcl-2 i ERp29, co wskazuje, że IL-10 może być obiecującym celem cząsteczkowym w leczeniu HIE.

 

Dokładność alternatywnych niepolaryzowalnych pól siłowych do określania  powinowactwa wiązania białko- ligand zdominowanego przez interakcje kation-π

Modyfikacja parametrów Lennarda-Jonesa specyficznych dla par za pomocą funkcji niezwiązanych FIX (NBFIX) pola siłowego CHARMM36 okazała się opłacalna, jeśli chodzi o poprawę opisu oddziaływań kation-π w obiektach biologicznych za pomocą addytywnych par potencjalnych funkcji energii. W tym przypadku dwa zestawy nowo zoptymalizowanych parametrów pola siłowego CHARMM36, w tym poprawki NBFIX, nazwane CHARMM36m-NBF i CHARMM36-WYF oraz oryginalne pola siłowe, a mianowicie CHARMM36m i Amber ff14SB, są wykorzystywane do określenia standardowych energii swobodnych wiązania siedmiu białek. kompleksy ligandowe zawierające oddziaływania kation-π.

W porównaniu z precyzyjnymi pomiarami eksperymentalnymi nasze wyniki wskazują, że nieskorygowane, pierwotne pola sił znacznie zaniżają swobodne energie wiązania, ze średnim błędem 5,Three kcal/mol, podczas gdy średnie błędy CHARMM36m-NBF i CHARMM36-WYF wynoszą 0,eight i 2,1 kcal/mol, odpowiednio. Niniejsze badanie przekonująco pokazuje, że zastosowanie zmodyfikowanych parametrów łącznie z poprawkami NBFIX dramatycznie zwiększa dokładność swobodnej energii wiązania standardu kompleksów białko-ligand zdominowanych przez oddziaływania kation-π, w szczególności z CHARMM36m-NBF.

Wykorzystanie  wzmocnienia fluorescencji indukowanego w czasie białka rozdzielczego w celu identyfikacji stabilnych lokalnych konformacji Jeden monomer α-synukleiny na raz

Wykorzystanie linijek spektroskopowych do śledzenia wielu konformacji pojedynczych biomolekuł i ich dynamiki zrewolucjonizowało zrozumienie dynamiki strukturalnej i jej wkładu w biologię. Podczas gdy linijka oparta na FRET informuje o odległościach między barwnikami w zakresie 3-10 nm, inne techniki spektroskopowe, takie jak wzmocnienie fluorescencji indukowanej przez białko (PIFE), donoszą o bliskości między barwnikiem a powierzchnią białka w krótszym Zero Zakres -Three nm. Niezależnie od wybranej metody, jej zastosowanie do pomiaru swobodnie dyfundujących biomolekuł pojedynczo pobiera histogramy parametru eksperymentalnego, dając oddzielne centralnie rozmieszczone subpopulacje biomolekuł, gdzie każda subpopulacja reprezentujealbo pojedyncza konformacja, która pozostała niezmieniona w ciągu milisekund, albo wiele konformacji, które ulegają konwersji znacznie szybciej niż milisekundy, a zatem uśredniona podpopulacja.

W jednocząsteczkowym FRET, gdzie raportowanym parametrem na histogramach jest wydajność FRET między barwnikami, wewnętrznie nieuporządkowane białko, takie jak monomer α-synukleiny w buforze, było wcześniej raportowane jako wykazujące pojedynczą uśrednioną podpopulację wielu konformacje szybko przekształcają się w siebie. Chociaż te wcześniejsze odkrycia zależą od zakresu 3-10 nm linijki opartej na FRET, staraliśmy się przetestować to białko za pomocą jednocząsteczkowego PIFE, gdzie śledzimy czas życia fluorescencji α-synukleiny specyficznej dla miejsca sCy3.

białka pojedynczo. Co ciekawe, przy użyciu tego spektroskopowego czujnika zbliżeniowego o krótszym zasięgu, znakowana sCy3 α-synukleina wykazuje kilka subpopulacji życia o wyraźnie różnych średnich czasach życia, które konwertują w ciągu 10-100 ms.Wyniki te pokazują, że chociaż α-synukleina może być nieuporządkowana globalnie, to jednak osiąga stabilne struktury lokalne. Podsumowując, w tej pracy podkreślamy zalety stosowania różnych spektroskopowych czujników zbliżeniowych, które śledzą lokalne lub globalne zmiany strukturalne, jedna biocząsteczka na raz.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *