odporności  jest związana ze słabymi wynikami i statusem receptora androgenowego

Spektroskopia echa spinowego neutronów jako wyjątkowa sonda do dynamiki błon lipidowych i  interakcji błona- białko

Dwuwarstwy lipidowe tworzą główną macierz błon komórkowych i są podstawową platformą wymiany składników odżywczych, interakcji białko-błona i pączkowania wirusów oraz innych ważnych procesów komórkowych. Aby zapewnić skuteczną aktywność biologiczną, błony komórkowe powinny być wystarczająco sztywne, aby zachować integralność komórki i jej przedziałów, a jednocześnie na tyle płynne, aby umożliwić dyfuzję i interakcję składników błon, takich jak białka i domeny funkcjonalne.

Ta delikatna równowaga elastycznych i płynnych właściwości błon oraz ich wpływ na funkcję biologiczną wymaga lepszego zrozumienia zbiorowej dynamiki błon w mezoskopowej długości i skalach czasowych kluczowych procesów biologicznych, np. deformacji błon i zdarzeń wiązania białek. Wśród technik, które mogą skutecznie sondować ten zakres dynamiczny, jest spektroskopia echa spinowego neutronów (NSE).

W połączeniu ze znakowaniem deuterem, NSE może być używany do bezpośredniego uzyskiwania dostępu do fluktuacji gięcia i grubości, a także dynamiki mezoskopowej wybranych cech błony. Artykuł ten zawiera krótki opis techniki NSE i przedstawia procedury przeprowadzania eksperymentów NSE na błonach liposomalnych, w tym szczegóły przygotowania próbek i schematów deuteracji, wraz z instrukcjami gromadzenia i redukcji danych.

W artykule przedstawiono również metody analizy danych służące do wyodrębnienia kluczowych parametrów membrany , takich jak moduł sztywności na zginanie, moduł ściśliwości powierzchniowej i lepkość w płaszczyźnie. Aby zilustrować biologiczne znaczenie badań NSE , omówiono wybrane przykłady zjawisk błonowych badanych przez NSE, a mianowicie wpływ dodatków na sztywność zginania błony, wpływ tworzenia domen na fluktuacje błony oraz sygnaturę dynamiczną oddziaływań błona-białko

Ekspresja białka B7-H3 w punkcie kontrolnym odporności  jest związana ze słabymi wynikami i statusem receptora androgenowego w raku prostaty

Wstęp:  Nowatorskie immunoterapie oparte na punktach kontrolnych mogą przynosić korzyści określonym grupom pacjentów z rakiem prostaty, którzy są oporni na inne metody leczenia.

Metody:  Przeanalizowaliśmy metodą immunohistochemiczną ekspresję B7-H3, PD-L1/B7-H1 i receptora androgenowego (AR) w próbkach tkanek od 120 pacjentów z gruczolakorakiem prostaty leczonych radykalną prostatektomią w Hiszpanii oraz od 206 pacjentów z gruczolakorakiem prostaty leczonych radykalna prostatektomia w Norwegii.

Wyniki:  Ekspresja B7-H3 korelowała dodatnio z ekspresją AR i była związana z nawrotem biochemicznym w kohorcie hiszpańskiej, ale ekspresja PD-L1 nie korelowała z żadnym z nich. Odkrycia dotyczące B7-H3 zostały potwierdzone w kohorcie norweskiej, gdzie ekspresja B7-H3 korelowała dodatnio ze stopniem Gleasona, marginesami chirurgicznymi, inwazją pęcherzyków nasiennych i grupą ryzyka CAPRA-S i była związana z nawrotem klinicznym. Wysoka ekspresja B7-H3 w kohorcie norweskiej była również zgodna z pozytywną ekspresją AR.

Wnioski:  Wyniki te sugerują wyraźne znaczenie kliniczne dwóch immunologicznych punktów kontrolnych białek PD-L1 i B7-H3 w raku prostaty. Nasze odkrycia podkreślają, że B7-H3 jest innowacyjnym immunologicznym punktem kontrolnym białka w raku prostaty.

miroslawstraczynski
miroslawstraczynski

Zrozumienie poszczególnych białek SARS-CoV-2 na   potrzeby ukierunkowanego opracowywania leków przeciwko COVID-19

  • SARS-CoV-2 powoduje pandemię COVID-19 odpowiedzialną za miliony zgonów na całym świecie. Nawet przy skutecznych szczepionkach wirus SARS-CoV-2 prawdopodobnie utrzyma się w populacji ludzkiej przez luki w skuteczności i szczepieniach oraz powstawanie nowych szczepów . Dlatego zrozumienie, w jaki sposób SARS-Cov-2 powoduje tak rozległe uszkodzenia tkanek i opracowanie ukierunkowanych terapii farmakologicznych, będzie miało kluczowe znaczenie w walce z tym wirusem i przygotowaniu się na przyszłe epidemie.
  • W niniejszym dokumencie podsumowujemy dotychczasowe postępy przy użyciu   modeli in vitro lub  in vivo do badania poszczególnych białek SARS-CoV-2 i ich mechanizmów patogenicznych. Pogrupowaliśmy białka SARS-CoV-2 na trzy kategorie: wejście gospodarza, samodziałanie i interakcja z gospodarzem. Niniejszy przegląd koncentruje się na samoczynnie działających i oddziałujących z gospodarzem białkach SARS-CoV-2 i podsumowuje aktualną wiedzę na temat tego, w jaki sposób białka te promują replikację wirusa i zaburzają systemy gospodarza, a także leki skierowane na te wirusy i białka gospodarza.
  • Wiele z tych leków jest obecnie w badaniach klinicznych dotyczących leczenia COVID-19. Przyszłe wybuchy epidemii koronawirusa będą najprawdopodobniej spowodowane przez nowe szczepy wirusa, które unikają szczepień poprzez mutacje w białkach wejściowych gospodarza. W związku z tym badanie indywidualnych samodziałających i oddziałujących z gospodarzem białek SARS-CoV-2 w celu ukierunkowanych interwencji terapeutycznych jest niezbędne nie tylko w walce z COVID-19, ale także cenne w przypadku przyszłych epidemii koronawirusa.

Konstrukcja super-folderowego systemu ekspresji białek fluorescencyjnych  kierowanych przez sekrecję do produkcji fosfolipazy D u  Bacillus subtilis

Fosfolipidy (PL) są jednym z głównych składników żywności i nutraceutyków, kosmetyków, produktów rolnych i farmaceutycznych. Fosfolipaza D (PLD) jest kluczowym enzymem w biokatalitycznej syntezie lub modyfikacji PLs. Tutaj, aby bardziej efektywnie przygotować PLD, skonstruowaliśmy system ekspresji i sekrecji PLD w  Bacillus subtilis  i opracowaliśmy przyjazny dla środowiska system reakcji.

Wprowadzono nieklasyczny szlak sekrecyjny, w którym białko superfolderowe o zielonej fluorescencji odgrywa rolę białka kierującego N-końca. Ten system ekspresyjny może nie tylko zapewnić szybkie badanie przesiewowe szczepów ekspresyjnych o wysokim poziomie , ale może również osiągnąć sekrecję białek docelowych. W optymalnych warunkach fermentacji aktywność enzymatyczna pożywki hodowlanej wynosiła 0,35 U/ml, co stanowiło 2,05-krotność aktywności szczepów szlaku sekrecji Sec.

W międzyczasie porównano wpływ kilku rozpuszczalników organicznych w dwufazowych ośrodkach reakcyjnych. Wyniki wykazały, że przy użyciu eteru cyklopentylowometylowego jako fazy organicznej, końcowy stopień konwersji osiągnął 96,9%. Wykazał dobry potencjał aplikacyjny w syntezie fosfatydyloseryny, położył podwaliny pod syntezę i zastosowanie innych rzadkich i wysokowartościowych PL oraz dostarczył odniesienia do produkcji innych biokatalizatorów.

Zbliżanie się do   barier białkowych : pojawiające się mechanizmy wstrzymywania replikacji u eukariontów

Podczas replikacji jądrowego DNA wielobiałkowe maszyny replikujące muszą wspólnie przemierzać i duplikować całkowitą długość każdego chromosomu podczas każdego cyklu komórkowego. W pewnych lokalizacjach genomowych replikomy napotykają na ciasne kompleksy DNA-białko i zwalniają. Ta pauza widelca jest aktywnym procesem obejmującym rozpoznanie bariery białkowej przez zbliżający się replikom za  pośrednictwem ewolucyjnie zachowanego kompleksu pauzowania  /ochrony widelca (FPC).

Działanie FPC chroni widelce przed zapadnięciem się zarówno na zaprogramowanych, jak i przypadkowych barierach białkowych, promując w ten sposób integralność genomu. Ponadto FPC stymuluje punkt kontrolny replikacji DNA i reguluje topologiczne przejścia w pobliżu widełek replikacyjnych. Zaproponowano komórkom eukariotycznym stosowanie fizjologicznej zaprogramowanej pauzy widelca do różnych celów, takich jak utrzymywanie liczby kopii w powtarzających się loci, wykluczanie spotkań replikacji z transkrypcją, regulowanie składania kinetochoru lub kontrolowanie zdarzeń konwersji genów podczas przełączania typu kojarzenia.

Tutaj dokonujemy przeglądu rosnącej liczby podejść stosowanych do badania wstrzymywania replikacji  in vivo  i  in vitro,  a także charakteryzowania dodatkowych czynników, o których ostatnio donoszono, aby modulować pauzowanie widełek w różnych systemach. W szczególności skupiamy się na pozytywnej roli topoizomeraz w pauzowaniu widelca.

Opisujemy mannequin, w którym progresja replikomów jest z natury ostrożna, co zapewnia ogólne zachowanie stabilności widełek i integralności genomu, ale może również pełnić wyspecjalizowane funkcje w określonych loci. Ponadto zwracamy uwagę na klasyczne i nowatorskie nierozstrzygnięte pytania w tej dziedzinie i proponujemy miejsca, w których można je rozwiązać. Biorąc pod uwagę, jak niewiele wiadomo na temat zatrzymywania replikomów na barierach białkowych w ludzkich komórkach, potrzeba więcej badań, aby określić, jak konserwatywne są te mechanizmy.

Analizy funkcjonalnej na wiążących penicylinę wysokiej masy cząsteczkowej  białka  z  Streptococcus agalactiae  ujawnione przez delecję genu i transpozonową mutagenezę analysisTRANSLATE

Białka wiążące penicylinę o dużej masie cząsteczkowej (PBP) to enzymy, które katalizują biosyntezę peptydoglikanu ściany komórkowej bakterii. Bakteryjny patogen Gram-dodatni  Streptococcus agalactiae  ( streptococcus grupy B  lub GBS) wytwarza pięć wielkocząsteczkowych PBP, a mianowicie PBP1A, PBP1B, PBP2A, PBP2B i PBP2X. Wśród nich tylko PBP2X ma zasadnicze znaczenie dla żywotności komórek , podczas gdy pozostałe cztery PBP są indywidualnie dozowane. Funkcja biologiczna czterech nieistotnych PBP jest słabo scharakteryzowana w GBS.

My usunięta  pbp1a ,  pbp1b ,  pbp2a i  pbp2b genów indywidualnie z genetycznie dobrze scharakteryzowanego szczepu GBS serotypu V i zbadano fenotypy czterech izogenicznych szczepów zmutowanych. W porównaniu ze szczepem rodzicielskim typu dzikiego (i) żaden z   izogenicznych szczepów mutantów pbp nie miał znaczącego defektu wzrostu w pożywce bogatej w THY, (ii) izogeniczne zmutowane szczepy Δ pbp1a  i Δ pbp1b  miały znacząco zwiększoną wrażliwość na penicylinę i ampicylinę oraz ( iii) izogeniczne zmutowane szczepy Δ pbp1a  i Δ pbp2b  miały znacznie dłuższe łańcuchy.

Stosując nasyconą mutagenezę transpozonu i sekwencjonowanie miejsca insercji transpozonu, określiliśmy geny niezbędne dla żywotności szczepu GBS typu dzikiego i każdego z czterech izogenicznych   szczepów mutantów z delecją pbp w pożywce bogatej w THY. Pbp1a  gen ma zasadnicze znaczenie dla żywotności komórek w  pbp2b  tle delecji . Odwrotnie ,  pbp2b  jest niezbędny w   tle delecji pbp1a . Ponadto gen kodujący RodA, polimerazę peptydoglikanu, która działa w połączeniu z PBP2B, jest również istotny w   tle delecji pbp1a . Łącznie nasze wyniki sugerują funkcjonalne nakładanie się kompleksu PBP1A i PBP2B-RodA w biosyntezie peptydoglikanu ściany komórkowej GBS.

WAŻNE Białka wiążące penicylinę o  dużej masie cząsteczkowej (HMM-PBP) są enzymami niezbędnymi do biosyntezy ściany komórkowej bakterii. Bakteryjne paciorkowce grupy B   (GBS) wytwarzają pięć różnych HMM-PBP. Funkcje biologiczne tych białek nie są dobrze scharakteryzowane w GBS. W tym badaniu przeprowadziliśmy kompleksową analizę delecji genów kodujących HMM-PBP w GBS.

Odkryliśmy, że usunięcie niektórych genów kodujących PBP zmieniło podatność bakterii na antybiotyki beta-laktamowe, morfologię komórek i istotność innych enzymów zaangażowanych w syntezę peptydoglikanu ściany komórkowej . Wyniki naszego badania rzucają nowe światło na biologiczne funkcje PBP w GBS.

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *